A exposição na sala Guaimiaba aborda em sua temática expositiva um rico acervo da arqueologia pré-contato, que inclui lâminas de machados, raspadores, muiraquitãs e as bem conhecidas cerâmicas das culturas Marajoara e Tapajônica. Também estão expostas a cultura material relativa à arqueologia histórica, como artefatos militares, botões de fardamento, medalhas, louças, garrafas de grés e de vidro, moedas e outros objetos do cotidiano.
Através de peças e painéis, o museu busca permitir ao público em geral oportunidade de contato com a sua identidade Amazônica, possibilitando a leitura dos processos culturais, sociais e militares, resgatados nos domínios do Forte do Presépio, bem como o contexto simbólico do entorno. Esse acervo busca refletir os diversos indicadores referidos ao povos originários até a época do contato com a cultura portuguesa e o posterior processo de urbanização, originado a partir do Forte do Presépio, que o tornou um símbolo da formação de Belém.