O Museu de gemas possui em suas mostras de longa duração um valioso e expressivo acervo de cultura material arqueológica – cerâmicas, muiraquitãs, machados e outros instrumentos - gemológica e de ourivesaria. Destacam-se oito coleções, dentre a coleção de gemas minerais, a de gemas orgânicas e a coleção de joias. Tais peças trazem muito da identidade e da cultura da região que servem de inspiração para a confecção das mesmas, tais como as “joias de Nazaré” e os muiraquitãs confeccionados em diversos minerais.
As demais conformam cinco coleções arqueológicas, que dizem respeito às culturas dos grupos originários da Amazônia e seus modos de vida. O material lítico e cerâmico traduzem o modus vivendi de caçadores/coletores, de povos tapajônicos e da fase marajoara de ocupação. As coleções McPhee, Dita II, Guy Veloso, Tayllor Collyer, SEICON, além de peças avulsas que foram adquiridas pelo Governo do Pará ao longo dos anos, em prol da preservação do nosso Patrimônio Cultural.