O acervo pertencente ao museu é formado por diferentes artefatos, como material lítico, cerâmicas marajoara e tapajônica, além da coleção de muiraquitãs, provenientes de vários sítios arqueológicos. Destaca-se em seu acervo a cultura material proveniente do próprio sítio histórico e seu entorno, bem como artefatos e fotos de alguns grupos indígenas contemporâneos.
